徐樹(shù)錚于1919年6月13日被任命為西北籌邊使，1920年7月4日免職，期間三次赴外蒙，第一次是1919年10月23日至1919年11月24日，其中在庫(kù)倫逗留22天，主要解決撤治問(wèn)題，全盤(pán)推翻了庫(kù)倫辦事大員陳毅的《外蒙善后條例》63條，將有條件撤治變?yōu)闊o(wú)條件撤治，以雷厲風(fēng)行的手段迫使外蒙僧俗統(tǒng)治集團(tuán)向大總統(tǒng)徐世昌遞交請(qǐng)求撤治的呈文;第二次是1919年12月27日至1920年1月24日，主要辦理撤治諸項(xiàng)事宜，冊(cè)封哲布尊丹巴及女佛，并巡視外蒙邊務(wù);第三次是從1920年5月10日離京，到6月15日被段祺瑞從庫(kù)倫召回，這次是真正著手經(jīng)營(yíng)外蒙。每次往返，都是在張家口更換汽車(chē)與火車(chē)，在外蒙古的時(shí)間一共還不到3個(gè)月。

外蒙古在清朝時(shí)對(duì)中央的向心力就不如內(nèi)蒙古，經(jīng)過(guò)“獨(dú)立”以后更加疏遠(yuǎn)中國(guó)，所以徐樹(shù)錚認(rèn)為治蒙的當(dāng)務(wù)之急是加強(qiáng)外蒙古官民對(duì)中國(guó)的向心力。他說(shuō)：“空言統(tǒng)攝，難期久遠(yuǎn)，一切要政，不及時(shí)措施，終恐此地非我所有，有之亦不如其無(wú)?！?920年5月，他擬具了《治蒙要略》，向國(guó)務(wù)會(huì)議做了詳細(xì)匯報(bào)，并呈大總統(tǒng)徐世昌、邊防督辦段祺瑞審閱。徐樹(shù)錚的《治蒙要略》分為庶政、官制、軍事三個(gè)部分。庶政方面，他主張大養(yǎng)軍馬，加強(qiáng)中華文化教育，優(yōu)待俄民尤其是布里亞特人，厲行電報(bào)收費(fèi)，重征煙酒等奢侈品的捐稅，參照清律和民國(guó)法律，制定專(zhuān)門(mén)適用于蒙古地區(qū)的刑律，發(fā)展墾牧事業(yè)，興辦工商鹽務(wù)林礦等各項(xiàng)實(shí)業(yè)，鼓勵(lì)蒙古族牧民走向定居生活。官制方面，他建議外蒙全境設(shè)一總制，坐鎮(zhèn)要區(qū)，統(tǒng)轄軍民政商一切事宜;喀爾喀四盟及科布多、唐努烏梁海等六個(gè)地區(qū)各設(shè)都管一員管理政商屯墾各事 。軍事方面，他提議在外蒙的幾個(gè)戰(zhàn)略要地駐軍七旅，各旅必須增加騎兵，減少步兵。兵士除戰(zhàn)備訓(xùn)練外，還可于宜墾地區(qū)實(shí)行屯田。 [30]

徐樹(shù)錚所付諸實(shí)行的措施，主要是創(chuàng)設(shè)邊業(yè)銀行、注銷(xiāo)外蒙官府欠中央政府的舊債、派出部分兵力加強(qiáng)恰克圖的邊防。徐樹(shù)錚還命令駐蒙士兵引種天津大白菜，結(jié)果十分成功，后來(lái)大白菜就成了當(dāng)?shù)氐拇蟊姴?。他還調(diào)查礦產(chǎn)、籌備鐵路，修建醫(yī)院，使外蒙古的現(xiàn)代化事業(yè)有序開(kāi)展。徐樹(shù)錚治蒙，尤重教化，他認(rèn)為“有清以來(lái)，蒙部?jī)?nèi)屬，迄今約三百年，率以愚蒙為策，實(shí)大背人情天理之正。此后欲蒙邊日見(jiàn)親洽，即非力整教化，勸諭興學(xué)，不易為功。” [31] 他創(chuàng)立“政教聯(lián)歡社”，試圖籠絡(luò)外蒙王公喇嘛的感情，又創(chuàng)立《朔方日?qǐng)?bào)》、多次舉辦戲曲演出、與外蒙民眾聯(lián)歡，寓教化于娛樂(lè)之中。

然而，徐樹(shù)錚身在漠北，心在北京，隨著局勢(shì)的變化，他于1920年6月匆匆結(jié)束對(duì)外蒙的短暫經(jīng)營(yíng)，投入到對(duì)直系的斗爭(zhēng)中。徐樹(shù)錚被免職后，外蒙商民憂心忡忡，恰克圖商會(huì)于1920年7月8日致電大總統(tǒng)、總理、各部總長(zhǎng)、參眾兩院，懇求收回徐樹(shù)錚免職之成命，電文中說(shuō)： “國(guó)家設(shè)官，布政在民，進(jìn)退之間，惟民是賴(lài)。中央更動(dòng)徐籌邊使，民等逖聽(tīng)之余，驚愕罔措，直若大難將臨，曷勝切膚之痛!……徐使一人之進(jìn)退，關(guān)系于蒙疆之得失，及萬(wàn)民之生死……徐使更動(dòng)，在外蒙則若中流之失柱石……棄徐使，無(wú)異棄外蒙……棄再造之版圖，恐非國(guó)家之福也!” [32] 但不滿皖系的大總統(tǒng)徐世昌對(duì)此置若罔聞。徐樹(shù)錚走后，陳毅取而代之，這位文官?zèng)]能守護(hù)好外蒙，很快外蒙就先后被白俄軍官恩琴及蘇俄扶植的蒙古人民黨奪走了。

對(duì)于徐樹(shù)錚治蒙的功過(guò)，歷來(lái)褒貶不一，徐樹(shù)錚在完成撤治后專(zhuān)門(mén)致電在上海的孫中山，孫中山回電祝賀，將他與漢代的陳湯、班超、傅介子相提并論。 [33] 與徐樹(shù)錚在政治上對(duì)立的交通系要人梁士詒也致函稱(chēng)贊徐樹(shù)錚“冒雪北征，保國(guó)安邊，苦心遠(yuǎn)識(shí)，令人傾倒。” [34] 但也有人指責(zé)徐樹(shù)錚逼迫外蒙取消自治是“失信”、“誤國(guó)”，如國(guó)民黨內(nèi)部的凌鉞等人就稱(chēng)徐樹(shù)錚“犯賣(mài)國(guó)大罪”，指責(zé)孫中山對(duì)其稱(chēng)贊“失當(dāng)”。 [35] 曾任外蒙古烏里雅蘇臺(tái)佐理專(zhuān)員秘書(shū)長(zhǎng)的孟榘回憶說(shuō)：“外蒙二次獨(dú)立，實(shí)因徐以兵力壓迫之所致，武人跋扈，不達(dá)蒙情，可勝?lài)@哉!” [36] 美國(guó)的蒙古學(xué)家拉鐵摩爾曾用漢語(yǔ)對(duì)唐德剛表示外蒙之失“錯(cuò)在小徐!錯(cuò)在小徐!” [37] 中國(guó)共產(chǎn)黨機(jī)關(guān)刊物《向?qū)А放u(píng)：“徐樹(shù)錚迫蒙古取消自治之后，在那邊的中國(guó)人，一時(shí)氣炎高沖云霄;官兵奸淫擄掠，商人威壓市塵，親眼看見(jiàn)的人都嘆為日本待朝鮮的橫暴當(dāng)亦不過(guò)如是。” [38] 又說(shuō)：“徐樹(shù)錚統(tǒng)率大隊(duì)邊防軍到蒙古去了，那還了得，肆行搶掠，任意殺戮，當(dāng)然是不言而知的事實(shí)。” [39] 臺(tái)灣著名蒙古史專(zhuān)家李毓澍則評(píng)論說(shuō)：“徐樹(shù)錚的介入，顯然欲攘撤治以為己功，為重振皖系聲名之計(jì)。當(dāng)其抵庫(kù)伊始，尚欲另訂簡(jiǎn)括條件，重開(kāi)談判，繼以磋商條件，仍不免曠日廢時(shí)，北京各部院核議之條例行將到庫(kù)，乃出其武人跋扈之作風(fēng)，徑以兵力脅迫，自愿撤治突變?yōu)閺?qiáng)迫撤治，不僅摧殘蒙人向華之心，使外蒙撤治的意義亦全然消失?！薄靶焓系溍烧`國(guó)，實(shí)難辭其咎!” [40] 也有學(xué)者對(duì)此作出肯定評(píng)價(jià)，指出徐樹(shù)錚果斷撤治，粉碎了外蒙當(dāng)局的分裂陰謀，“外蒙古回歸，有效地維護(hù)和實(shí)現(xiàn)了國(guó)家領(lǐng)土、主權(quán)的完整與統(tǒng)一，具有重大的政治意義”，同時(shí)徐樹(shù)錚經(jīng)營(yíng)外蒙的舉措“適應(yīng)了外蒙古社會(huì)發(fā)展的客觀需要，有利于外蒙古的政治穩(wěn)定與經(jīng)濟(jì)文化的發(fā)展”，因此這是“徐樹(shù)錚乃至北洋政府的政治活動(dòng)中少有的亮點(diǎn)之一”。